禽流感患者多數(shù)輕癥病例預(yù)后良好，且不留后遺癥。某些病例病情發(fā)展迅速，出現(xiàn)重癥肺炎、急性呼吸窘迫綜合征、肺出血、胸腔積液、全血細胞減少、多臟器功能衰竭、敗血癥、休克及Reye綜合征等多種并發(fā)癥，可導(dǎo)致死亡。常見并發(fā)癥包括：

原發(fā)性病毒性肺炎：多見于原有心肺疾病的患者，肺部病變以漿液性出血性支氣管炎為主，患者常常因心力衰竭或周圍循環(huán)衰竭而死亡。

繼發(fā)性細菌性肺炎： 最常見的病原菌是肺炎鏈球菌，金黃色葡萄球菌或流感嗜血桿菌，病人病情逐漸加重，或在暫時的改善后臨床癥狀進一步加重，咳嗽，咳膿痰，并且出現(xiàn)肺部實變體征，X 線發(fā)現(xiàn)肺部有片狀和斑片狀陰影。

心肌炎：有報道流感病毒性肺炎可以并發(fā)心肌炎。