1、灰指甲的臨床診斷首先就是指甲增厚，真菌侵入甲板或甲床后，甲板中的角質(zhì)物受到真菌的作用而高度增殖，角質(zhì)物的堆積使甲板增厚。甲板的增厚也加深了甲床混濁程度，一般它可以比正常甲板厚出1～3倍以上。

2、表面凹凸不平也是灰指甲的臨床診斷之一，由于甲板或甲板下有角質(zhì)物堆積，同時甲板又被破壞，使甲板表面粗糙，凹凸不平，失去光澤。這種凹凸不平既為縱向，也可以為橫向。同時也可以理解到病甲的主要病變在甲板下。

3、灰指甲的臨床診斷還包括甲板變脆易碎，由于真菌侵入甲板和甲床，在角質(zhì)溶解酶的作用下，角質(zhì)但白被溶解，形成角質(zhì)細(xì)小顆粒，被破壞的甲板缺乏彈性和韌性而變脆，角質(zhì)顆粒呈粉末狀易于脫落、松散而變得碎雜。

4、甲分層同樣是灰指甲的臨床診斷，增厚的角質(zhì)物變干，變碎屑，變脆，它容易從甲板與甲床之間脫落下來，使得原本與指肉粘合的指甲表層，出現(xiàn)中空現(xiàn)象，即指甲分為2層，表層與指肉分離，另外分離出一層薄薄的甲質(zhì)粘在指肉上。