通過雄激素進行治療。雄激素對女性的子宮內膜異位癥的痛經現象有顯著的效果。普遍使用的藥物有以下幾種：甲基睪丸素5mg，患者每天可以口服每日2次；丙酸睪丸酮25mg，這種藥物需要進行肌肉注射，每個星期可以注射2次，用藥2～3個月后可以停藥觀察一段時間，而且每個月使用的藥量不能高于300mg。

通過假孕方法進行治療。也就是讓患者服用一些避孕藥，形成好像妊娠的人工閉經。普遍使用的藥物主要有：乙酸孕酮、安宮黃體酮、甲地孕酮以及18甲基炔諾酮等，以上幾種藥物都可以有效治療子宮內膜異位癥。服用的藥量比普通的避孕藥量要高出4倍，而且同時還要配合服用雌激素，比如炔雌醇，可以控制患者的子宮內膜脫落出血。

通過保守的手術方法進行治療。半死手術主要有開腹手術以及腹腔鏡下手術。如果患者同時出現了子宮肌瘤的話，要一起進行切除。而痛經比較嚴重的患者，建議可以把骶前神經進行切除。在術過程中要盡量保留患者正常的卵巢組織。這種手術方法比較適合年齡小，長時間不孕的患者。

通過半保守手術進行治療。這種手術主要是將患者的子宮和子宮內膜異位病灶進行切除，而卵巢功能將會保留。這種手術比較適合45歲以下，已經沒有生育需求的患者，以及一些病灶范圍比較廣，無法保留生育能力的患者。