1、潛伏期：1-4周。

2、起病不如淋病急，癥狀拖延，時(shí)輕時(shí)重，但比淋病輕。約50%的病人有尿痛、尿道癢等癥狀。初診時(shí)很易被漏診。女性非淋菌性尿道炎癥更輕，無尿痛或輕微尿痛，可出現(xiàn)少量分泌物。有時(shí)宮頸也有炎癥或糜爛，宮頸分泌物中有多數(shù)分葉型白細(xì)胞（高倍鏡下每視野超過10個(gè)）。

3、尿道分泌物少，稀薄，粘液性或粘膜膿性。較長(zhǎng)時(shí)間不排尿（如晨起）尿道外口可溢出少量稀薄分泌物。有時(shí)僅表現(xiàn)為晨起痂膜封住尿道口或污染內(nèi)褲。檢查時(shí)，需由后向前按擠前尿道才可能有少許分泌物由尿道口溢出。有時(shí)病人有癥狀無分泌物，也可無癥狀而有分泌物。

4、常與淋病同時(shí)感染。前者先出現(xiàn)淋病癥狀，經(jīng)抗淋病治療后，淋球菌被青霉素殺死，而衣原體、支原體依然存在。在感染1-3周后發(fā)病。臨床上很易被誤認(rèn)為淋病未治愈或復(fù)發(fā)。

5、處理不當(dāng)或治療不及時(shí)可引起并發(fā)癥（1%）。如急性附睪炎、前列腺炎、結(jié)腸炎、咽炎。女性宮頸炎、宮頸糜爛、前庭大腺炎、陰道炎、輸卵管炎、盆腔炎、異位妊娠、不育等。

6、新生兒通過感染的產(chǎn)道、生后3-13d可發(fā)生眼結(jié)膜炎，眼部有粘液膿性分泌物，也可無分泌物。但多不侵犯角膜。出生后2-3周可發(fā)生肺炎。癥狀不斷加重，呼吸急促為其特點(diǎn)，但不發(fā)熱。其中半數(shù)患兒有眼結(jié)膜炎。

7、極少數(shù)病人可伴發(fā)Reifer綜合征：尿道炎、關(guān)節(jié)炎、角膜炎、結(jié)合膜炎及皮疹。