1、肛竇炎是新生兒常見病之一，也是新生兒形成肛瘺最主要的原因。肛竇的炎癥因肛門括約肌收縮，影響炎性分泌物（包括膿液）排泄，使炎癥可以擴(kuò)散至直腸、肛門周圍，進(jìn)而形成肛周囊腫。

由于肛門周圍距離皮膚和鄰近器官（如女嬰的外陰和陰道）的粘膜很近，所以一旦形成膿腫，就等于瘺管形成，瘺管的內(nèi)口位于直腸壁上，而外口位于皮膚或其它器官的粘膜處，膿腫則在膿液流出后形成連接內(nèi)外口的管道。

2、免疫力低下，這類病兒比健康的新生兒（免疫力弱、尚未成熟）的抵抗力差，易發(fā)生敗血癥和局部感染。

3、全身或鄰近肛門處化膿性感染，可以并發(fā)肛周感染。有人認(rèn)為有些新生兒雄性激素分泌過多，刺激肛周皮脂腺，使其分泌旺盛導(dǎo)致繼發(fā)感染。

4、先天性肛瘺，有專家認(rèn)為是胎兒階段直腸陰道隔發(fā)育異常所致，特別是女孩直腸前庭瘺和直腸陰道瘺很可能在小兒出生時(shí)已存在，而于生后表現(xiàn)癥狀。

5、偶見因外傷包括肛門直腸手術(shù)后繼發(fā)肛周感染，最后形成肛瘺。

6、其它，包括腫瘤破潰、性病感染等。