急性扁桃體炎的主要致病菌為乙型溶血性鏈球菌，葡萄球菌，肺炎雙球菌。腺病毒也可引起本病。

細(xì)菌和病毒混合感染也不少見。細(xì)菌可能是外界侵入的，亦可能系隱藏于扁桃體隱窩內(nèi)的細(xì)菌，當(dāng)機(jī)體抵抗力因寒冷，潮濕，過度勞累，體質(zhì)虛弱，煙酒過度，有害氣體刺激等因素驟然降低時(shí)，細(xì)菌繁殖加強(qiáng)所致。有時(shí)則為急性傳染病的前驅(qū)癥狀，如麻疹及猩紅熱等。急性扁桃體炎往往是在慢性扁桃體基礎(chǔ)上反復(fù)急性發(fā)作。