扁桃體炎的致病原以溶血性鏈球菌為主，其他如葡萄球菌、肺炎球菌、流感桿菌以及病毒等也可引起。病原體通過飛沫兒直接接觸等途徑傳入，平時隱藏在扁桃體小窩內(nèi)，當(dāng)人體因勞累、受涼或其他原因而致抵抗力減弱時，病原體迅速繁殖而引起發(fā)病。炎癥自小窩開始，再遍及整個扁桃體。 

 急性炎癥時，扁桃體實質(zhì)內(nèi)充血，有多形核白細(xì)胞浸潤，在粘膜表面，可見黃白色斑點。扁桃體明顯腫脹，并可形成多數(shù)小膿腫。小窩內(nèi)由纖維素、脫落上皮和膿細(xì)胞等組成的膿性滲出物向小窩口排出，故在扁桃體小窩口可見膿點。

慢性炎癥的病理改變明顯，淋巴細(xì)胞、網(wǎng)狀細(xì)胞增生活躍，扁桃體肥大。小窩粘膜上皮增厚、表面角化過度或形成小潰瘍。角化物、炎性滲出物、脫落上皮細(xì)胞、白細(xì)胞細(xì)菌等混合形成干酪樣物的栓子，塞于小窩口。長期炎癥可致扁桃體內(nèi)小血管閉塞，淋巴組織變性，逐漸為結(jié)締組織代替，此后扁桃體日益縮小，最后導(dǎo)致扁桃體纖維化。小窩口因瘢痕而狹窄，其內(nèi)容物難以排除，常成為病灶。