急性出血性壞死性腸炎主要病理改變?yōu)槟c壁小動脈內類纖維蛋白沉著、栓塞而致小腸出血和壞死。病變部位以空腸及回腸為多見，且嚴重；有時也可累及十二指腸、結腸及胃，少數病例胃腸道均可受累。

病變常呈節(jié)段性，可局限于腸的一段，也可呈多發(fā)性。病變常起始于粘膜，表現為腫脹，廣泛性出血，皺襞頂端被覆污綠色的假膜，但病變與正常粘膜分界清楚。病變可延伸至粘膜肌層，甚至累及漿膜。

病變腸壁明顯增厚、變硬，嚴重者可致腸潰瘍和腸穿孔。鏡下可見病變粘膜呈深淺不一的壞死改變，輕者僅及絨毛頂端，重者可累及粘膜全層。

粘膜下層除有廣泛出血外，亦可有嚴重的水腫和炎性細胞浸潤。肌層及漿膜層可有輕微出血，腸平滑肌可見腫脹、斷裂、玻璃樣變及壞死，血管壁則呈纖維素樣壞死，也可有血栓形成，腸壁肌神經叢細胞可有營養(yǎng)不良性改變。