根據(jù)腹瀉、黏液膿血便、反復糞便檢查無病原體，并經(jīng)仔細鑒別而排除有關疾病后，可做出初步診斷。診斷困難時，可做X線鋇劑灌腸和結腸鏡檢查。直腸、結腸黏膜活組織檢查并無本病的特征性病理改變，須結合臨床資料進行分析，才能做出診斷。

1、乙狀結腸鏡或結腸鏡檢查 所見腸黏膜變化與急性菌痢相似，黏膜充血、水腫、脆弱，觸之易出血，且呈顆粒狀，有小出血點，或多數(shù)形狀不規(guī)則、大小不一致、深淺不等的潰瘍，蓋以黃白色或血性滲出物。晚期可有腸壁增厚、腸腔狹窄、假息肉形成。活檢可找到直腸隱窩膿腫。

2、鋇劑灌腸 正常結腸黏膜皺紋消失或紊亂，鋇劑停留于小潰瘍中可使黏膜呈絨毛狀、鋸齒狀或蛇皮狀；結腸袋加深或消失，管壁強直，管腔狹窄，可呈鉛管狀；腸管縮短；假息肉形成可造成充盈缺損。

3、糞便阿米巴檢查及痢疾桿菌培養(yǎng)陰性。