一、發(fā)病原因尚未完全了解，可能與以下兩因素相關(guān)

1、腸內(nèi)存在某些細(xì)菌及其所產(chǎn)毒素以C型產(chǎn)氣莢膜梭狀桿菌B毒素可能性較大，因發(fā)現(xiàn)本病患者糞便厭氧培養(yǎng)，此菌檢出率及其B毒素血清抗體陽性率均顯著高于正常人群。將此菌菌液注入豚鼠小腸，可使其腸道發(fā)生出血性病變而死亡。

2、病兒胰蛋白酶活性降低上述B毒素可被腸內(nèi)胰蛋白酶水解而失去致病作用。長期蛋白質(zhì)營養(yǎng)不良和（或）經(jīng)常食用甘薯、玉米等含豐富胰蛋白酶抑制物的食物，均可使腸內(nèi)胰蛋白酶活性顯著降低，使病兒易于發(fā)病。這可解釋為什么本病在農(nóng)村貧困地區(qū)發(fā)病較高。

二、發(fā)病機(jī)制壞死性小腸炎的典型病理變化為壞死性炎癥改變

自黏膜下層開始，隨病變的擴(kuò)大，可向肌層及黏膜層發(fā)展，使多處腸壁全層充血水腫灶狀壞死，壞死黏膜脫落后形成潰瘍，繼續(xù)發(fā)展達(dá)肌層、漿膜層，而發(fā)生穿孔引起腹膜炎。病變多見于空腸下段和回腸上段，但也有見于十二指腸及結(jié)腸的患兒，嚴(yán)重者全部小腸均可受累。一般呈散在性、節(jié)段性排列，有的為1～2段或2段以上，每段長短不一，最短十余厘米，長者可達(dá)100cm，分界清楚。受損腸壁增厚、質(zhì)脆失去彈性、擴(kuò)張。重者漿膜面粗糙有纖維素附著，腸腔內(nèi)充滿果醬樣血便。顯微鏡下可見病變腸壁各層均有炎癥細(xì)胞浸潤，以淋巴細(xì)胞、嗜酸性粒細(xì)胞、單核細(xì)胞、漿細(xì)胞為主。黏膜可發(fā)生壞死或脫落，黏膜下層有大片出血壞死和水腫，毛細(xì)血管擴(kuò)張充血。腹腔內(nèi)可有混濁、膿性或血性滲液。病變恢復(fù)后不遺留慢性肉芽腫性改變，引起腹腔內(nèi)粘連者少見。