淋菌性肛門直腸炎主要通過患者的臨床表現(xiàn)和實驗室淋球菌檢查進行診斷。檢查手段包括：

1、涂片檢查

取患者尿道分泌物或?qū)m頸分泌物，作革蘭氏染色，在多形核白細胞內(nèi)找到革蘭氏陰性雙球菌，涂片對有大量膿性分泌物的單純淋菌性前尿道炎患者，此法陽性率在90%左右，可以初步診斷。

咽部涂片發(fā)現(xiàn)革蘭氏陰性雙球菌不能診斷淋病，因為其他奈瑟菌屬在咽部是正常的菌群，另外對癥狀不典型的涂片陽性應(yīng)作進一步檢查。

2、培養(yǎng)檢查

淋球菌培養(yǎng)是診斷的重要佐證，培養(yǎng)法對癥狀很輕或無癥狀的男性、女性病人都是較敏感的方法，只要培養(yǎng)陽性就可確診。在基因診斷問世以前，培養(yǎng)是世界衛(wèi)生組織推薦的篩選淋病的唯一方法，培養(yǎng)陽性率男性80%-95%，女性80-90%。