潰瘍性結腸炎腸粘膜的炎癥改變雖與許多感染性腹瀉者相似，某些病例糞便中亦可培養(yǎng)出細菌，如鏈球菌等，部分病例應用抗菌藥物治療亦有效，因而有人認為感染是本病的病因，但在本病患者中未能檢出相同的細菌、病毒和真菌，多年來反復研究，也未能直接找到感染微生物的根據，以可能的病原體如多種細菌、病毒、真菌等作實驗性移植也未獲成功，故多數人認為感染不是潰瘍性結腸炎的直接發(fā)病原因。

潰瘍性結腸炎的病理變化和臨床表現與細菌性痢疾非常相似。在被診斷為潰瘍性結腸炎的病例中，有菌痢既往史者為數不少，在大量慢性細菌性痢疾的病例隨訪中，確實發(fā)現有部分菌痢病人演變?yōu)楸静　?/p>

由感染因素轉換成非特異性的發(fā)病，這一過程尚未清楚，有人提出與自身免疫因素有關，也有人認為，起病由痢疾桿菌或溶組織阿米巴所引起，而慢性病程可能是由于一般不致病的腸內細菌所致。