肉膜發(fā)育異常：陰莖包皮肉膜層發(fā)育異常是主要病因，因為陰莖皮膚沒有正常附著于深層筋膜，而是呈松弛狀態(tài)，致使陰莖隱匿與皮膚中，此外肉膜筋膜發(fā)育不良，失去彈性，進(jìn)而會限制陰莖的伸展，可能也是引起本病的病因之一，這種情況被稱為先天性埋藏陰莖。

肥胖：肥胖青少年的下腹部脂肪堆積，使陰莖深藏于皮下也屬于隱匿陰莖，但其在發(fā)育成熟、脂肪組織減少后，陰莖可恢復(fù)正常狀態(tài)，這被稱為伴有肥胖的隱匿陰莖，當(dāng)然部分此類患者可有其他病因同時存在。

陰莖勃起導(dǎo)致傷口裂開：有些患者性功能亢進(jìn)，受到一點點刺激就會勃起，這也是傷口總不愈合的病因之一，這種患者可遵醫(yī)囑服用鎮(zhèn)靜藥物，防止陰莖勃起造成傷口裂開。

包皮和陰莖頭感染：包皮和陰莖頭感染是一種發(fā)病率極高的陰莖炎癥，多見于包皮包莖者。這種感染常是由于不潔性交而感染了細(xì)菌、真菌、滴蟲、衣原體、支原體等病原體。感染引發(fā)的炎癥可以導(dǎo)致包皮出現(xiàn)水腫、充血、糜爛并形成淺表潰瘍，并最終使包皮口出現(xiàn)瘢痕攣縮，皮膚失去彈性和擴(kuò)張能力，包皮無法向上退縮露出陰莖頭。