肛周濕疹病因復雜多變，由多種因素相互影響而發(fā)病，包括物理的、化學的、生物的外界因素和機體內(nèi)在的精神神經(jīng)失衡，代謝功能障礙，器官功能失調(diào)，表現(xiàn)于臨床是一種非特異性變態(tài)反應，難以確認某一單純因素引發(fā)濕疹，也難以用排除某一因素而使癥狀緩解而痊愈。

肛周濕疹的病因分原發(fā)性和繼發(fā)性兩種，前者原因不明，后者多由肛瘺、肛裂等炎癥或分泌物刺激所致。

外因方面：外界刺激，如太陽光線、紫外線、寒冷、炎熱、干燥、多汗、搔抓、摩擦、生存環(huán)境、氣候變化、動物皮毛、植物、化學物質(zhì)和日常生活用品如化妝品、肥皂、人造纖維等的刺激，都可引起濕疹。

內(nèi)因方面：某些慢性消化系統(tǒng)疾病、胃腸道功能障礙、精神緊張、失眠、過度疲勞、情緒波動以及新陳代謝障礙、內(nèi)分泌功能失調(diào)等，均可引起或加重濕疹的病情。此外，肛瘺、肛裂、痔瘡等也可引起肛門濕疹。

同時，肛門濕疹的發(fā)病個體差異較大，因此，認為濕疹與遺傳因素和素質(zhì)有一定關(guān)系。