hsv侵入粘膜或破損的皮膚，約經(jīng)1~26天（平均5~7天）的潛伏期，便在入侵部位產(chǎn)生紅斑，丘疹及水皰性損害。早期損害通常是一群或數(shù)群紅色刺激性或疼痛性斑丘疹，直徑3~5毫米，約24~36小時之后會發(fā)展成小水皰，皰液清晰，5~6天后，成群的小水皰頂端露以灰色痂，皰液變黃，繼之水皰破潰，形成小灶性疼痛性淺表潰瘍。潰瘍灶底部呈淺黃色，周圍可有紅暈。有時小灶性潰瘍可融合成片，形成大面積潰瘍給診斷帶來困難。

雖然原發(fā)性生殖器皰疹會反復發(fā)作，但若無并發(fā)癥，幾乎所有的皮膚粘膜損害都會在2~3周內(nèi)消退。痊愈后3周找不到病毒。85%的患者在21天內(nèi)產(chǎn)生病毒抗體。hsv原發(fā)感染產(chǎn)生免疫力后，將大部分病毒清除，部分病毒可沿神經(jīng)髓鞘到達三叉神經(jīng)節(jié)（hsv—1）和脊神經(jīng)節(jié)（hsv—2）細胞中或周圍星形神經(jīng)膠質(zhì)細胞內(nèi)，以潛伏狀態(tài)長期持續(xù)存在，與機體處于相對平衡，不引起臨床癥狀。此時不可檢測出病毒。不同亞型hsv感染者急性首發(fā)生殖器皰疹的臨床過程相似，但生殖器病變復發(fā)率不同，首發(fā)生殖器皰疹hsv-2感染者約90%，在12個月內(nèi)會出現(xiàn)一次復發(fā)（平均復發(fā)4次），而初次感染hsv-1者僅50%出現(xiàn)類似復發(fā)（平均復發(fā)次數(shù)小于1）。

不同個體及同一病人一生中生殖器hsv-2感染的復發(fā)率變化很大，大多數(shù)年復發(fā)5-9次，一般在原發(fā)皰疹消退后1-6個月內(nèi)發(fā)生，有些患者受到促發(fā)因素，如發(fā)熱、月經(jīng)、日曬、寒冷、某些病毒感染等的影響而復發(fā)，其特點是每次復發(fā)往往發(fā)生在同一部位，復發(fā)前可有前驅(qū)癥狀如局部瘙癢，發(fā)疹前數(shù)小時感染部位有灼燒，麻刺感。