由于生殖器皰疹的病情和個體差異變化如此之大，而任何性傳播感染的治療都有特殊性和特異性，準(zhǔn)確的診斷是必需的。目前診斷生殖器皰疹主要靠病史、癥狀和體征主要診斷依據(jù)有：

有婚外性生活或配偶生殖器皰疹病史，或其他密切接觸史。

存在典型的臨床表現(xiàn)外陰部成群水皰、局部灼熱感、有復(fù)發(fā)史、病程較短等，初次發(fā)作或反復(fù)發(fā)作者。結(jié)合實驗室檢查以明確診斷。為了證實生殖器感染的診斷，有必要證明患者體內(nèi)有單純皰疹病毒的出現(xiàn)。檢測血流中的抗體是不充分的，因為這并不能確定感染的部位。

通常程序是醫(yī)生用棉拭子采集水皰的皰液、潰瘍組織液或生殖器分泌物標(biāo)本，并送檢分析。實驗室分析通常采用病毒培養(yǎng)（在細胞及培養(yǎng)基中有病毒生長）或抗原檢測法（特異性地識別病毒的成分）。由于生殖器皰疹患者可能同時合并其它的性傳播感染，應(yīng)作全面的泌尿生殖器檢查。對女性作檢查時，可能包括宮頸涂片檢查。

當(dāng)作血清抗體檢測時，可能發(fā)現(xiàn)被檢查者有感染，但卻未表現(xiàn)出生殖器部位的癥狀，此時仍然有必要進行生殖器感染的確證。如果這種血清學(xué)檢查是抗體的特異性檢測方法，那么具有生殖器感染的可能性，但仍然不能確診。醫(yī)生應(yīng)要求被檢查者在出現(xiàn)生殖器癥狀或不適時復(fù)診，以采集標(biāo)本作實驗室確診。