凡體表部位具有典型皰疹損害的單純皰疹診斷不難；對損害僅存在于腔道深處者，如生殖道、呼吸道、直腸的患者，倘疏于全面仔細(xì)的體檢，則有可能誤診。

對僅系內(nèi)臟皰疹損害，而身體淺表等易暴露部局限性損害，或呈腦組織彌漫性病變，CT和MR等影像學(xué)檢查顯示有額、顳葉的軟化灶。

雙份血清和腦脊液HSV抗體檢查有顯著變化趨勢；病原學(xué)檢查陽性，如PCR檢測腦脊液提示有HSV感染等。應(yīng)注意的是，流行病學(xué)資料有時(shí)并不一定能收集到。

例如，在部分新生兒HSV感染者的生母中。并無單純皰疹發(fā)病史或明確的接觸史，從而給臨床診斷造成很大困難。此類疑難病例的確診有賴于采集臨床標(biāo)本，甚至活組織檢查，以搜索單純皰疹病毒感染存在的證據(jù)。疑新生兒及患有宮內(nèi)HSV感染者，血清（可采臍血或足跟血標(biāo)本）IgM型HSV抗體檢測陽性即可確診。