生殖器皰疹約85%～90%由2型單純皰疹病毒（HSV-2）引起，10%～15%由1型單純皰疹病毒（HSV-1）引起。HSV是一種DNA病毒，核心為線狀雙鏈DNA，分子量為160×10Da，其外為一立體對稱20面體的蛋白質(zhì)衣殼，由162個殼粒所組成。衣殼外是脂質(zhì)被膜。HSV基因組編碼病毒特異的核心蛋白及結(jié)構(gòu)蛋白，包括存在于病毒表面的糖蛋白，它們能誘導(dǎo)機(jī)體產(chǎn)生中和抗體。

兩型HSV相關(guān)糖蛋白中除HSV-1的gC和HSV-2的gG具有特異性抗原決定簇外，其它結(jié)構(gòu)基本相似，所產(chǎn)生的抗體在型間有交叉反應(yīng)性。HSV基因組還編碼非結(jié)構(gòu)蛋白，如胸苷激酶（TK）、DNK聚合酶等，它們對病毒的復(fù)制是很重要的。由于這些病毒酶不同于細(xì)胞酶，一些能選擇性抑制病毒酶的抗病毒藥物如阿昔洛韋，就是據(jù)此而研制出來的。

原發(fā)性生殖器皰疹都是通過與皰疹病毒感染者通過性交直接接觸感染，HSV經(jīng)過皮膚黏膜輕微的擦傷或裂口侵入上皮細(xì)胞，并在其中復(fù)制、繁殖，引起細(xì)胞的氣球變性及壞死，炎性細(xì)胞的浸潤等炎癥反應(yīng)，并刺激機(jī)體的免疫反應(yīng)。侵入機(jī)體的病毒沿外周感覺神經(jīng)向上進(jìn)入脊髓背根的感覺或運動神經(jīng)節(jié)，建立潛伏感染，潛伏感染是生殖器皰疹復(fù)發(fā)的根源。潛伏病毒的激活與病毒的胸苷激酶等和機(jī)體的免疫與非免疫因素有關(guān)。潛伏的病毒受激活后，沿周圍神經(jīng)軸索下行至皮膚和黏膜，引起復(fù)發(fā)。