乙肝病毒感染肝細(xì)胞后，病毒dna進(jìn)入細(xì)胞核并激發(fā)新的傳染性病毒顆粒產(chǎn)生，這些病毒顆粒會被釋放到血液中。同時(shí)在肝細(xì)胞制造出來大量的病毒蛋白質(zhì)，這些蛋白質(zhì)不是被釋放到血中就是在肝臟中用于合成病毒顆粒。

乙肝病毒有一套獨(dú)特的復(fù)制方式。乙肝病毒和反轉(zhuǎn)錄病毒（如人類免疫缺陷病毒）相似，在循環(huán)往復(fù)的病毒不斷復(fù)制中將rna反轉(zhuǎn)錄成dna是很重要的一個(gè)步驟。

但乙肝病毒又不同于反轉(zhuǎn)錄病毒，乙肝病毒dna在復(fù)制過程是要進(jìn)入宿主細(xì)胞的dna的。而且乙肝病毒通常不直接破壞肝細(xì)胞，而是在被感染的細(xì)胞表面表現(xiàn)出特異性抗原物質(zhì)，肝細(xì)胞表現(xiàn)的抗原物質(zhì)再引發(fā)免疫反應(yīng)而造成肝炎。

被感染的肝細(xì)胞成了免疫細(xì)胞（主要是細(xì)胞毒性t淋巴細(xì)胞）攻擊和破壞的目標(biāo)。由于不斷有病毒復(fù)制，所以機(jī)體不斷進(jìn)行病毒清除，也就出現(xiàn)了持續(xù)的肝細(xì)胞損壞，最后取代受損害肝細(xì)胞的不是健康的新細(xì)胞而是纖維組織，這種纖維化過程將導(dǎo)致肝硬化，肝功能顯著降低，甚至最后還會出現(xiàn)致命的肝臟疾病。