本病半數(shù)以上患者有“急性腎盂腎炎”既往史，實際上不是急性腎盂腎炎，而是慢性腎盂腎炎的首發(fā)癥狀。其后有畏寒、發(fā)熱、乏力、食欲不振、腰酸、腰痛及脊肋角叩痛等癥狀，并伴有尿頻、尿急、尿痛等下尿路刺激癥狀，及排尿困難，急性發(fā)作表現(xiàn)也時有出現(xiàn)。慢性腎盂腎炎臨床表現(xiàn)復(fù)雜，容易反復(fù)發(fā)作，多會引起腎性高血壓，要密切注意患者的身體狀況。

慢性腎盂腎炎癥狀較急性期輕。有時可表現(xiàn)為無癥狀性菌尿。半數(shù)以上患者有急性腎盂腎炎既往史，實際上是慢性腎盂腎炎的首發(fā)癥狀。而后間斷反復(fù)出現(xiàn)尿路刺激癥狀，一般較輕，不如急性腎盂腎炎明顯，其后有乏力、低熱、厭食及腰酸痛等癥狀，并伴有尿頻、尿急、尿痛等下尿路刺激癥狀。急性發(fā)作時全身癥狀與急性腎盂腎炎相同，有發(fā)熱、腰痛、腹痛、膀胱刺激癥狀。腎損害進展時，可有腎小管功能損害，如濃縮功能減退、低滲、低比重尿、夜尿增多及腎小管性酸中毒等。到晚期，可出現(xiàn)腎小球功能損害、氮質(zhì)血癥直至尿毒癥。

慢性腎盂腎炎多引起腎性高血壓，一般認為與患者高腎素血癥及一些縮血管多肽的釋放和血管硬化、狹窄等病變有關(guān)。少數(shù)患者切除一側(cè)病腎后，高血壓可得以改善。至病程晚期，患者可出現(xiàn)腎小球功能損害、氮質(zhì)血癥直至尿毒癥。在小管間質(zhì)損害的基礎(chǔ)上，可出現(xiàn)局灶節(jié)段性的腎小球硬化，表現(xiàn)為大量蛋白尿或腎病綜合征，這些病人預(yù)后差，可進展為終末期腎病。

小兒（偶爾成人）患者可出現(xiàn)慢性細菌性腎盂腎炎的急性發(fā)作。發(fā)熱僅見于急性發(fā)作期，無急性發(fā)作的患者可能無癥狀。當慢性腎盂腎炎進入晚期且累及雙側(cè)腎臟時，可出現(xiàn)高血壓、貧血和氮質(zhì)血癥的相關(guān)癥狀。