漸凍人的鑒別診斷比較復(fù)雜，根據(jù)Belsh和Schiffman的統(tǒng)計(jì)，本病早期有27%被誤診為其他疾病，在愛爾蘭的國家ALS登記處有10%的病例為誤診。中晚期的ALS診斷并不困難但在疾病早期需與以下疾病進(jìn)行鑒別：

1、頸椎病脊髓。脊髓型頸椎病，可以表現(xiàn)為手肌無力和萎縮伴雙下肢痙攣而且頸椎病和ALS均好發(fā)于中年以上的人群，兩者容易混淆。由于頸椎病引起的壓迫性脊髓損害很少超過C4，因而舌肌和胸鎖乳突肌肌電圖檢查發(fā)現(xiàn)失神經(jīng)現(xiàn)象強(qiáng)烈提示ALS超過一個神經(jīng)根分布區(qū)的廣泛性肌束顫動也支持ALS的診斷。頸椎病性脊髓病時MRI可顯示脊髓受壓，但出現(xiàn)這種影像學(xué)改變并不能排除ALS一方面有些患者雖然影像學(xué)有頸髓受壓的證據(jù)，但并不一定導(dǎo)致出現(xiàn)脊髓損害的癥狀和體征另一方面頸椎病可與ALS同時存在。

2、包涵體肌炎（IBM）。是繼頸椎病性脊髓病后最容易與ALS混淆的疾病Brannagan（1999）復(fù)習(xí)20例IBM其中半數(shù)早期誤診為ALS或周圍神經(jīng)病。兩者的共同癥狀為手肌或四肢遠(yuǎn)端肌萎縮腱反射消失無感覺障礙和感覺異常（IBM合并周圍神經(jīng)病除外）。IBM患者指屈肌無力通常較為明顯，而在ALS到晚期其他手肌明顯受累時才有指屈肌無力，且第1骨間肌多無萎縮。IBM常有明顯的股四頭肌萎縮伴上樓費(fèi)力和起立困難，但無束顫和上運(yùn)動神經(jīng)元損害體征。IBM患者的肌肉活檢可見鑲邊空泡和炎癥浸潤可資與ALS鑒別。

3、多灶性運(yùn)動神經(jīng)病。是一種周圍神經(jīng)病。因其有明顯的肌無力和肌萎縮伴肌束顫動而腱反射正常或亢進(jìn)，容易與ALS或SMA混淆神經(jīng)電生理檢查發(fā)現(xiàn)運(yùn)動傳導(dǎo)阻滯運(yùn)動神經(jīng)活檢發(fā)現(xiàn)脫髓鞘改變及IVIG試驗(yàn)性治療有效支持多灶性運(yùn)動神經(jīng)病磁共振光譜有皮質(zhì)乙酰天門冬氨酸缺失及運(yùn)動皮質(zhì)磁刺激發(fā)現(xiàn)中樞運(yùn)動傳導(dǎo)障礙提示ALS。