先天性巨結(jié)腸的病因目前尚不清，多數(shù)學(xué)者認(rèn)為與遺傳有密切關(guān)系，本病的發(fā)病機(jī)理是遠(yuǎn)端腸管神經(jīng)節(jié)細(xì)胞缺如，或功能異常，使腸管處于痙攣狹窄狀態(tài)，腸管通而不暢，近端腸管代償性增大，壁增厚。本病有時可合并其他畸形。

1、環(huán)境因素（30%）

包括出生前、出生時、出生后的環(huán)境因素影響。有人報(bào)道有的早產(chǎn)兒因缺氧而發(fā)生“巨結(jié)腸癥”。缺氧可發(fā)生嚴(yán)重的“選擇性循環(huán)障礙”，改變早產(chǎn)兒未成熟遠(yuǎn)端結(jié)腸神經(jīng)節(jié)細(xì)胞功能。還有人報(bào)道手術(shù)損傷可引起巨結(jié)腸（獲得性巨結(jié)腸）。

2、先天發(fā)育因素（25%）

胚胎學(xué)的研究證實(shí)，從胚胎第5周起，來源于神經(jīng)嵴的神經(jīng)管原腸神經(jīng)節(jié)細(xì)胞，沿迷走神經(jīng)纖維由頭側(cè)向尾側(cè)遷移。整個移行過程，到胚胎第12周時完成。因此，無神經(jīng)節(jié)細(xì)胞癥是由于在胚胎第12周前發(fā)育停頓所致，停頓愈早，無神經(jīng)節(jié)細(xì)胞腸段就愈長。尾端的直腸和乙狀結(jié)腸是最后被神經(jīng)母細(xì)胞進(jìn)化的，故是最常見的病變部位。由于腸壁肌層及黏膜下神經(jīng)叢的神經(jīng)節(jié)細(xì)胞完全缺如或減少，使病變腸段失去蠕動，經(jīng)常處于痙攣狀態(tài)，形成一種功能性腸梗阻，天長日久，梗阻部位的上段結(jié)腸擴(kuò)張，腸壁增厚，形成先天性巨結(jié)腸。至于導(dǎo)致發(fā)育停頓的原始病因，可能是在母親妊娠早期，由于病毒感染或其他環(huán)境因素（代謝紊亂、中毒等），而產(chǎn)生運(yùn)動神經(jīng)元發(fā)育障礙所致。

3、遺傳因素（15%）

有人認(rèn)為巨結(jié)腸遺傳因子可能在第21對染色體出現(xiàn)異常。巨結(jié)腸是一種多基因遺傳性疾病，而且存在遺傳異質(zhì)性。