盡可能切除病變腸管是治療先天性巨結腸最好的方法。非手術治療及腸造瘺術，是因病兒年齡或技術條件限制，為維持排便及生長發(fā)育而采取的治療措施。

先天性巨結腸的治療方法和手術時間尚無統(tǒng)一意見，一般應根據(jù)病變的范圍、癥狀的程度、全身的營養(yǎng)狀態(tài)以及外科醫(yī)師對所選術式熟練程度的掌握等情況選擇具體的治療方法。

保守治療先天性巨結腸的目的是用各種方法達到每天或隔天排便1次，解除低位腸梗阻癥狀。但是，由于先天性巨結腸患兒的癥狀頑固，使用單一方法不久后就會失效，往往需要多種方法交替或聯(lián)合使用。即使如此，有時也很難維持正常排便。

（1）口服潤滑劑或緩瀉劑：如石蠟油、酚酞（果導片）、番瀉葉、大黃等。

（2）塞肛：用開塞露或甘油栓塞肛，每天或隔天1次。

（3）灌腸：0.9%鹽水灌腸是有效的治療方法。灌腸時必須注意鹽水用量及排出情況，如鹽水灌入后不能排出，需注入甘油、50%硫酸鎂液，待大便軟化后再次灌洗，應注意小腸炎的發(fā)生，如有腹脹、發(fā)熱、水瀉等癥狀時應及時住院。